浅的发酵床垫料系统，需要一个好的菌种来维持，浅的话，则垫料可以充分利用到，深的发酵床，则没有菌种也能运转一个月，因为自然界也存在很多的自然菌种，也能发热分解，但无法定向分解，即定向分解粪便，大多是分解垫料，不是分解粪便，同时，也不能保证有益菌占优势，所以，气味也更不愉快，深的发酵床，对菌种的要求就少多了，基本上常规的成本最低的最便宜的枯草芽孢杆菌就可以搞定，而浅的发酵床需要专业分解粪便的菌种，且需要脱氮菌，但深的发酵床如果用更专业的分解粪便的菌和脱氮菌，效果则更上一层楼。